Après vous être pris la tête pendant un bon moment à voir « le patch ne s'applique pas », vous vous rendrez compte que git am supprime les CR par défaut.

J'imagine que le but est de simplifier la vie des gens qui reçoivent des patchs par email (puisque la fin de ligne pour les mails est CR-LF) et que la plupart des fichiers utilisent seulement LF.
Moins pratique par contre si l'on a utilisé git format-patch et qu'un des fichiers avait des CR-LF.

Solution : passer l'option --keep-cr à git-am.